湖南棉区因气候温暖湿润，棉花病害发生较为普遍，其中土传病害黄萎病和枯萎病危害最大。黄萎病主要危害叶片，初期叶脉间出现黄色斑点，逐渐扩展呈不规则黄斑，严重时叶片枯死脱落，但植株不立即死亡。枯萎病则表现为整株萎蔫，叶片自下而上枯死，维管束变褐，纵切茎部可见褐色条纹。这两种病害均无特效治疗药剂，防治核心在于“防”。选用抗黄萎病、抗枯萎病的品种是首选策略。同时，实行3-5年轮作，避免与茄科作物连作，可减少土壤中病原菌积累。发现病株应及时拔除，并用石灰消毒病穴。
炭疽病和角斑病是棉花苗期和蕾期的常见病害。炭疽病危害茎和叶柄，产生红褐色椭圆形病斑，边缘紫红色，中央灰褐色。防治方法是在苗期喷施咪鲜胺或苯醚甲环唑，每隔7-10天一次，连续2-3次。角斑病危害叶片，形成多角形水渍状病斑，背面有乳白色菌脓。发病初期可用春雷霉素或噻菌铜喷雾防治。这两种病害在雨天过后易爆发，因此雨后及时排水、喷药保护至关重要。
除了病害，棉花还易受棉铃虫、蚜虫等虫害侵袭。棉铃虫危害花蕾和幼铃，造成落蕾落铃。2026年推广的绿色防控技术，如安装太阳能杀虫灯、悬挂黄色粘虫板诱杀蚜虫，以及释放赤眼蜂防治棉铃虫，效果显著。化学防治方面，可选用氯虫苯甲酰胺或茚虫威等高效低毒农药，注意安全间隔期，确保棉花农产品质量安全。综合防治策略应坚持“预防为主，综合防治”的方针，结合农业、物理和生物措施，最大限度减少病害发生。