番茄枯萎病是土传病害中最严重的一种，又称黄萎病。发病初期植株下部叶片白天萎蔫，夜间恢复，数日后整株枯死，但叶片仍保持绿色。剖开茎秆可见维管束变为褐色。该病在高温高湿条件下发展迅速，连作地块发病严重。防治枯萎病应选用抗病品种，如对抗枯萎病1号的抗青丰等。实行与非豆科、茄科作物轮作3年以上。发病初期可用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液或20%甲基立枯磷乳油1200倍液灌根，每株灌药液250毫升，7天一次，连续2至3次。
番茄疫病危害果实、叶片和茎秆。果实发病多在脐部开始，初呈油渍状暗绿色病斑，后变为褐色，病部边缘不明显，湿度大时表面生出白色霉层。叶片发病呈暗绿色水渍状大斑，迅速扩展至全叶。防治疫病应从苗期开始，定植前用58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液喷淋苗床。发病初期可用64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液或72.2%霜霉威盐酸盐800倍液喷雾，7至10天一次，连续防治2至3次。雨后及时排水，降低田间湿度。
灰霉病主要危害果实，也可侵害叶片和茎秆。果实发病多从花器开始，花萼部呈水渍状褐色腐烂，表面生出灰色霉层，果实软腐脱落。叶片发病呈V字形褐色病斑，边缘明显。灰霉病在低温高湿条件下流行，大棚栽培易发。防治灰霉病要注意控制棚内湿度，采用膜下滴灌，避免夜间结露。发病初期可用50%腐霉利可湿性粉剂1500倍液或50%异菌脲可湿性粉剂1000倍液喷雾，重点喷施花器和幼果，5至7天喷一次，连续2至3次。
番茄斑潜蝇是湖北地区常见的虫害，幼虫在叶片内取食叶肉，形成蛇形白色虫道，严重影响光合作用。成虫刺吸汁液，也可传播病毒病。防治斑潜蝇应悬挂黄色粘虫板诱杀成虫，每亩悬挂20至25块，高度与植株顶部持平。发现虫道后及时摘除病叶集中烧毁。发生初期可用1.8%阿维菌素乳油3000倍液或20%灭蝇胺可湿性粉剂2000倍液喷雾，重点喷施叶片背面，5至7天一次，根据虫口密度防治1至2次。