大豆根腐病是河南大豆种植中最常见的土传病害之一。发病初期植株下部叶片变黄，逐渐向上发展，根部出现褐色病斑，主根和侧根腐烂，严重时整株枯死。该病在连作地块和低洼积水田块发生较重。防治上应实行轮作倒茬，避免与豆科作物连作。播种前可用咯菌腈或精甲霜灵进行种子处理。发病初期可用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液或25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液灌根，每株灌药液200毫升，7至10天一次，连续防治2至3次。
大豆菌核病主要危害豆荚和茎秆，在湿度大的年份发生严重。发病初期茎秆上出现水渍状褐色斑点，后扩展成不规则大病斑，表面长出白色菌丝和黑色菌核。豆荚发病后变白腐烂，内部充满菌核。防治菌核病应以农业防治为主，收获后彻底清除田间病残体，深翻土壤。发病初期可用50%腐霉利可湿性粉剂1500倍液或40%菌核净可湿性粉剂1000倍液喷雾，重点喷施中下部茎秆和豆荚，7至10天喷一次，连续2次。
大豆灰斑病主要危害叶片，也可侵染茎和豆荚。叶片上最初出现褐色小斑点，后扩大为圆形或近圆形病斑，中央灰白色，边缘褐色，病斑周围常有黄色晕圈。高温高湿天气有利于发病。防治上应选用抗病品种，合理密植，改善田间通风透光条件。发病初期可用75%百菌清可湿性粉剂600倍液或50%苯醚甲环唑水分散粒剂3000倍液喷雾防治，每隔10天喷一次，连续防治2次。
大豆锈病是近年来在河南部分地区发生渐重的病害。发病初期叶片背面出现黄色小斑点，后发展为褐色疱斑，破裂后散出红褐色粉末状夏孢子。严重时可导致叶片早枯脱落。防治大豆锈病要及时清除田间及田边杂草寄主。发病初期可用25%丙环唑乳油3000倍液或12.5%烯唑醇可湿性粉剂2000倍液喷雾，重点喷施叶片背面，7至10天一次，根据病情连续防治2至3次。