一、炭疽病：果实上的黑色凹陷斑
炭疽病是辣椒果实期的主要病害，高温高湿环境下易流行。初期叶片出现水浸状斑点，随后转为褐色。果实受害后，出现圆形或不规则形凹陷斑，表面产生橙红色黏质孢子堆，干燥后变为黑色霉层，严重影响商品性。防治上，应注意轮作，避免连作。雨后及时排水，降低田间湿度。发病初期喷施咪鲜胺、苯醚甲环唑或嘧菌酯，每隔7-10天喷一次，连喷2-3次。采收前15天停止用药，确保食品安全。
二、病毒病：叶片黄绿斑驳与植株矮化
辣椒病毒病俗称“花叶病”，由蚜虫、烟粉虱传播。感染后叶片出现黄绿相间的花叶，植株矮小，节间缩短，果实变小畸形，甚至绝收。预防病毒病关键在于防虫。田间设置黄色粘虫板诱杀蚜虫和粉虱，及时清除田间杂草，减少虫源。发病初期喷施宁南霉素、盐酸吗啉胍或香菇多糖，配合锌肥增强植株抗性。重病株及时拔除并带出田外深埋，防止扩散。
三、青枯病：急性萎蔫的致命病害
青枯病是一种细菌性病害，发病急，死亡率高。初期中午叶片萎蔫下垂，早晚恢复，3-5天后整株枯死，叶片仍保持绿色。剖开茎基部可见维管束变褐色，挤压有乳白色菌脓流出。该病在高温高湿土壤中蔓延迅速。选用抗病品种，与非茄科作物轮作3年以上。发现病株立即拔除，撒石灰消毒病穴。化学防治可用春雷霉素、中生菌素或噻菌铜灌根，每株500毫升药液，每隔7天灌一次，连灌2-3次。
四、疫病：茎基腐与果实软腐
辣椒疫病又称“死棵”，主要危害茎基部和果实。茎基部出现水浸状暗绿色病斑，迅速绕茎一周，导致植株枯死。果实病斑呈水浸状，后变褐色软腐，表面生白色霉层。疫病喜欢低温高湿环境。防治重点是控制湿度，加强通风。药剂防治可选用烯酰吗啉、霜霉威盐酸盐或氟噻唑吡乙酮，茎基部喷雾或灌根。发病初期尽早用药，可有效控制病情蔓延。