整形修剪是苹果树管理的核心技术。在福建地区，推荐采用自然开心形或改良疏散分层形，这两种树形通风透光性好，适合福建多雨的气候。定植当年，保留主干高度50-60厘米进行短截，促使下部发出健壮枝条作为主枝。次年春季，选取分布均匀、角度开张的3-4个枝条作为三大主枝，其余抹除。夏季对竞争枝进行拉枝开角，角度控制在70-80度，削弱顶端优势，促进侧芽萌发形成结果枝组。
冬季修剪主要在落叶后进行，以疏剪和短截为主。首先剪除病虫枝、枯死枝和交叉重叠枝，打开光路。对于结果枝组，采用回缩更新的方法，保持结果部位外移，防止树冠内膛空虚。福建地区冬季气温相对较高，修剪时间可适当推迟至1月下旬至2月上旬，避免伤口受冻。对于旺长树，冬季重剪可缓和长势；对于弱树，则轻剪少疏，保留更多叶片进行光合作用，恢复树势。
夏季修剪在福建苹果管理中尤为重要，因为高温多雨极易引起枝条徒长。5-6月份，对新梢进行摘心，控制长度在30-40厘米，促进枝梢成熟和花芽分化。对于直立旺长的枝条，采用“拿枝软化”技术，用手捏弯枝条基部，使其水平或下垂生长，改变激素分布，抑制营养生长，促进生殖生长。此外，定期疏除过密的新梢，改善果园内部通风条件，降低黑星病和轮纹病的发病基数，为果实高质量生长奠定结构基础。