蛋鸡养殖过程中，疫病是影响经济效益的最大风险因素。浙江地区气候温暖湿润，加之夏季台风多雨，极易滋生细菌和病毒，导致蛋鸡疫病多发。因此，建立严密的疫病防控体系是养殖成功的基石。常见的蛋鸡疫病主要分为病毒性、细菌性和寄生虫性三类，其中新城疫、传染性支气管炎、禽流感等病毒性疫病危害最大，球虫病等寄生虫病则在南方地区尤为高发。
新城疫被称为鸡的“瘟病”，发病急、死亡率高。典型症状包括呼吸困难、甩头、排绿色稀粪、神经症状如扭颈观星等。预防新城疫的关键在于规范的免疫程序。通常雏鸡7-10日龄进行新城疫IV系滴鼻点眼，20-30日龄进行首次注射疫苗，之后每隔一定时间加强免疫。在发病季节，需特别注意监测抗体水平，确保保护力。一旦怀疑发生新城疫，应立即封锁现场，严禁人员、车辆出入，并对病死鸡进行深埋或焚烧处理，对全场进行彻底消毒。
传染性支气管炎（传支）和传染性喉气管炎（传喉）也是浙江蛋鸡常见的呼吸道疾病。传支主要表现为咳嗽、打喷嚏、气管啰音，产蛋鸡会出现产蛋率下降、蛋壳质量变差（如沙皮蛋、畸形蛋）。传喉则特征性表现为伸颈呼吸、咳出带血痰液。这两种病毒性疾病目前尚无特效药物治疗，重在预防。可通过接种疫苗、改善通风条件、降低饲养密度来减少应激和传播机会。对于继发感染的细菌性疾病，可使用敏感的抗生素进行对症治疗，但需注意休药期。
减蛋综合征（EDS）是由呼肠孤病毒引起的，主要侵害产蛋鸡，导致产蛋率突然大幅下降，产出薄壳蛋、无壳蛋或畸形蛋。该病主要通过种蛋垂直传播，因此选购鸡苗时必须确保来源可靠，无该病感染史。预防措施主要是接种疫苗，并在引种时严格检疫。
寄生虫病方面，球虫病是危害幼鸡生长的头号杀手。病鸡表现为精神沉郁、羽毛蓬乱、拉血便或西红柿样便，生长发育迟缓。预防球虫病主要依靠药物预防，如在雏鸡开食后添加抗球虫药，并定期轮换用药以防止耐药性产生。同时，保持鸡舍干燥，及时清除粪便，切断传播途径。
除了针对特定疫病的防控，通用的生物安全管理措施同样重要。养殖场应实行封闭式管理，工作人员进出需更衣消毒。车辆经过消毒池后方可进入。定期灭鼠、灭蝇，防止其携带病原体。建立完善的消毒制度，对鸡舍、用具、饮水系统进行定期清洗消毒。此外，加强饲养管理，提供全价营养饲料，增强鸡只自身免疫力，是抵御疫病的根本保障。只有将免疫、消毒、管理有机结合，才能构建起坚固的疫病防线。